پنج سال خلافت امام علی (ع)

در زمان خلافت حضرت علی (ع) سه جنگ با سه دسته با نام های ناکثین، قاسطین و مارقین درگرفت. علت جنگ جمل (جنگ با ناکثین) آن بود که طلحه و زبیر از این که در حکومت علی (ع) به استانداری منطقه ای منصوب شوند مأیوس و نومید شدند. از طرف دیگر، از جانب معاویه به هر دو نفر نامه ای، تقریباً به یک مضمون، رسید که آنان را به «امیرالمؤمنین» توصیف کرده و یادآور شده بود که از مردم شام برای آن دو بیعت گرفته است و باید هر چه زودتر شهرهای کوفه و بصره را اشتغال کنند، پیش از آن که فرزند ابوطالب بر آن دو مسلط شود و شعار آنان در همه جا این باشد که خواهان خون عثمان هستند و مردم را بر گرفتن انتقام او دعوت کنند.
این دو صحابی ساده لوح فریب نامه ی معاویه را خوردند و تصمیم گرفتند که از مدینه به مکه بروند و در آنجا به گردآوری افراد و ساز و برگ جنگ بپردازند و عایشه همسر رسول خدا (ص) همراه آنان سوار بر شتر سرخ مو عازم جنگ شد. عایشه می گفت: مردم! عثمان به ناحق کشته شده است و من انتقام خون او را می گیرم.
جنگ با شکست ناکثین پایان یافت. سپس حضرت کوفه را به عنوان مرکز خلافت برگزیدند که دو علت آن این است که: بیشتر سربازان و جان نثاران امام را مردم کوفه و حوالی آن تشکیل می دادند. زیرا امام برای سرکوبی پیمان شکنان به وسیله صحابی بزرگ، عماریاسر و فرزندان گرامی خود امام حسن (ع) از مردم کوفه، که مرکز مهم عراق بود، استمداد طلبید و گروه انبوهی از مردم آن منطقه به ندای امام پاسخ مثبت گفتند و همراه نمایندگان وی عازم جبهه شدند پس از آن که امام در نبرد با ناکثان پیروز شد و دشمن را تار و مار ساخت، حق شناسی ایجاب می کرد که از خانه و زندگی این مردم دیدن کند و لبیک گویان و جهادگران خود را تقدیر و متقاعدان و بازماندگان از جهاد را توبیخ و مذمت نماید. 
امام (ع) می دانست که شورش پیمان شکنان گناهی است از گناهان معاویه که آنان را به نقض میثاق تشویق کرده. اکنون که تیر این یاغی به خطا رفته و شورش پایان یافته بود باید هر چه زودتر ریشه ی فساد قطع و شاخه ی شجره ی ملعونه ی بنی امیه از پیکر جامعه اسلامی بریده می شد. لذا با سپاهی عظیم از کوفه حرکت فرمود و در بیابان صفین با معاویه برخورد کرد. و به این ترتیب، نبردی سخت و طولانی بین سپاه عراق و شام درگرفت.
جنگ صفین هر چند به سود امام (ع) پیش رفت ولی به علت جهالت عده ای و فریبکاری عمروعاص کار به حکمیت کشید. در حکمیت هم حکم امام (ع) که خلاف میل ایشان انتخاب شده بود جهالت کرد و خلافت به عهده معاویه افتاد.
پس از جنگ صفین جهالی که تن به حکمیت دادند گفتند گناه کرده ایم و توبه کردیم، علی (ع) نیز باید توبه کند. سپس در محلی به نام نهروان جمع شدند و شروع به ایجاد اخلال در کار امام (ع) نمودند. تلاش امام (ع) برای هدایتشان بی فایده بود، بنابراین لشگری را عازم جنگ با آنان کردند که در نهایت با شکست خوارج پایان یافت.
خلافت ظاهری آن حضرت قریب به پنج سال طول کشید و در بیشتر آن با منافقان مشغول قتال و جدال بودند و پیوسته بعد از حضرت رسول (ص) مظلوم بودند و اظهار مظلومیت خویش می فرمودند و از کثرت نافرمانی و نفاق مردم خویش دلتنگ بودند و طلب مرگ از خدا می نمودند و از شهادت خود بدست ابن ملجم (یکی از بازماندگان خوارج) خبر می دادند و گاهی می فرمودند که چه مانع شده است بدبخت ترین امت را که محاسن مرا از خون سرم خضاب کند؟
و سرانجام در 63 سالگی پس از 30 سال امامت در شب 19 ماه مبارک رمضان سال چهل هجری حضرت سیدالاوصیاء بدست شقی ترین فرد هنگامی که مشغول خواندن نماز صبح در مسجد کوفه بود  توسط عبدالرحمن بن ملجم و با یک شمشیر زهرآگین از ناحیهٔ سر ضربت خورد. از اولین و آخرین محاسن مبارکش از خون سر خضاب شد و در شب بیست و یکم ماه رمضان که مصادف با شب جمعه بود، رحلت فرمودند و در نجف به خاک سپرده شدند.